Przy Muzeum działa Rada Muzeum powoływana przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego.
10 czerwca 2015 roku Minister Małgorzata Omilanowska powołała nowy skład Rady na kadencję 2015-2019. W skład Rady obecnie wchodzą:
- prof. dr Mirosław Bałka
- dr hab. Waldemar Baraniewski
- Jarosław Jóźwiak
- Mariusz Knorowski
- Grażyna Kulczyk
- Ewa Dorota Malinowska-Grupińska
- Krzysztof Nowakowski
- Anda Rottenberg
- Adam Szymczyk
- prof. dr hab. Andrzej Turowski
- Jacek Wojciechowicz
Dyrektorem Muzeum od 6 czerwca 2007 r. jest Joanna Mytkowska.